數年之後，一八○六年(嘉慶十一)，當時東方最大的海盜蔡牽帶領手下來到北風澳，看到媽祖，馬上跪下叩頭，頂禮膜拜，並捐錢修蓋廟宇。六年後，繼承蔡牽的朱濆航海到北風澳，也登陸跪拜。

十九世紀中葉，本宮香火鼎盛，空間不足，就地翻建，至道光年間得予擴建十五坪之新廟；一九六二年，再次自原廟址上後面山坡地，重建今之中正軍港內進安宮媽祖廟，經過先後四次修建廟宇，鎮座北方澳數百年。一九七五年，為國防部興建軍港需要，媽祖村漁民一起遷移南方澳，並於民宅供奉達十年與全之久。

後經媽祖指示要在漁港邊重建，當時港區為國有地，在眾多地方人士（陳東海、林玉通、曾添賜等人）頻向國防部、交通部、台灣省政府等中央政府機關爭取，並於一九八三年間獲省交通處同意撥二百坪土地供廟方辦理復建，並募數千萬款項，於一九八四年元月十五日吉辰由縣長陳定南主持破土典禮；一九八八年適為雙立春雙雨水，歲值甲子，實為數百年之罕覯，農曆十一月初三舉行進殿安座大典儀式，農曆十一月十一日大吉月
舉行新廟落成慶典大禮。

一九八九年四月，本宮信徒順出海作業之便，避風湄洲島，湄洲媽祖廟參拜，祖廟董事長及幹事認為推動兩岸宗教交流需要，割愛惠賜「第一尊附駕大媽祖」暨「媽祖父母親」（全國）唯一，迎向供奉於本宮，共諸位大德共同參拜。

二００六年間，台北洪姓珠寶商向廟方表示受一尊黑面媽祖託夢，要捐獻一株市價數千萬之深海寶石珊瑚，雕刻一尊全世界獨一無二「寶石珊瑚媽祖」，在三峽賴姓雕刻師經歷兩年半時間精琢細磨，高四尺八寸，重達六百公斤的寶石珊瑚媽祖，中於二００九年七月二十三日(農曆六月二日)吉辰迎回安奉於本宮，是年九月三十日(農曆八月十二日)大吉日恭迎　馬總統主持開光、安座大典，供諸位信士大德參拜。

本宮供奉的黑面媽祖已有二百多年歷史，庇佑千千萬萬信徒，成就了很多可歌可頌的事蹟，若想要知道，可向本宮工作人員諮問。