明天啟元年，西元一六二一年，顏思齊、鄭芝龍率眾來台，屯駐於此，立小廟於小丘之東南，以奉祀媽祖香火，並以此為中心，開拓魍港內海諸地，之後開發有成，便前往湄洲祖廟恭迎媽祖金身來到青峰闕奉祀，即太聖宮今所奉祀的媽祖聖像。但也有人認為，在顏、鄭未到魍港之前，魍港已有此尊媽祖聖像。

明天啟四年，西元一六二四年，荷蘭入據台灣，青峰闕依舊由鄭芝龍統治，即使崇禎元年，西元一六二八年，鄭芝龍投降明朝，部眾仍留居魍港。

荷蘭人曾在魍港口岸築青峰闕砲台以扼守邊疆，期間古太聖宮曾遭颱風大水沖毀，荷蘭士兵將媽祖神像迎入青峰闕砲台奉祀，所以魍港媽祖又有「衙門媽」的稱呼。

然在鄭氏時代（1661－1683），一因急於反清復國，一因湄洲祖廟為清廷所壟斷，用於分化台灣民心，乃有創設王爺信仰之舉。

入清之後，朝廷有意消滅在台殘存的勢力，乃對台灣採行封鎖政策，於是青峰闕居民四散。更因魍港失去港口功能，人口外流，地方衰微不振。
民國二十三年，風颱，八掌溪改道，太聖宮為洪水沖毀，媽祖金尊由民間輪流奉祀，當時戶籍只剩一千餘戶。

台灣光復後，海埔擴大，撈捕養殖技術進步，居住此地的居民才慢慢恢復蓬勃。為償三百餘年歷代祖先之宿願，而有復建太聖宮之議，民間籌資重建小祠。

民國六十一年，太聖宮重建動土。民國六十五年，媽祖誕辰之日入廟安座。廟內前殿奉祀李府千歲、程府千歲、九龍三公魏天忠、令公爺（疑似令狐爺）、尹府千歲。後殿奉祀開基明朝媽祖。民國七十五年續修後殿左右廂房。