至民國三十三年二次世界大戰末期，廟宇的硬體設施損失不少，當時只能用臨時茅草遮蓋三川屋頂，勉強擋風遮雨而已，到了民國三十七年村民們募集一筆款項後才完成了具體的修繕工程，之後四十二年、五十一年、六十四年、六十五年、八十一年都進行修繕及部分的重建工程。直到七十一年成立管理委員會後，才能更有計劃的維持廟宇建築的完整性。
萬興宮是大肚鄉最早的媽祖廟，廟中奉祀的媽祖香火乃是由彰化縣天后宮分香而來的，而萬興宮的這尊媽祖也就是鼎鼎大名的「飛天媽」，萬興宮至今仍保有二十庄的遶境習俗，這繞境的習俗和「飛天媽」的傳說密切相關。
萬興宮最初是由一位唐山渡海而來的「萬福寺」老和尚擔任住持，老和尚有一天請乩童「鑾椅」請媽祖顯靈幫人做法，但黑面媽祖金身突然失去蹤影，這消息震驚了整個大庄地區，直到有一天，老和尚遇到一位從事染料買賣的挑夫，從挑夫口中得知他曾經在「噶瑪蘭」（現今的宜蘭縣）看過黑面媽祖金身，老和尚便立即專程北上尋找，老和尚抵達「噶瑪蘭」當地之後，有一位賣雜細的人大喊「大肚媽」，老和尚隨即跪上前，抱住媽祖神像後，疑惑的問道「為什麼會在這裡？」，突然，兩名攆轎手和媽祖神像隨即消失無蹤，第二天一早，在大肚鄉萬興宮廟裡上香的民眾赫然發現，攆轎手和媽祖神像都回來了，攆轎手睡在媽祖神桌下七天七夜才醒來，問他們為何失蹤？又怎麼回到大肚的？兩名攆轎手一臉茫然，於是媽祖會飛的傳言就此傳開，而地方人士為了感念媽祖神蹟，並祈求媽祖護佑，決定在三月二十三日媽祖聖誕後的四月一日，發起二十庄的遶境活動，希望媽祖能護佑村民平安。

飛媽神蹟

萬興宮一樓正殿上媽祖娘娘含笑端坐，殿內光明燈含攝著橘黃色的光，彷彿是慈悲的媽祖正在看顧著信徒，兩旁的千里眼、順風耳造型威武。後殿雅致清靜，供奉觀世音菩薩，左右偏龕供奉註生娘娘、城隍爺，左右側殿分別供奉福德正神、三府、五府千歲。二樓正殿內供奉關聖帝君，另有神農大帝與女媧娘娘，還有南鯤鯓代天府朱、李、池三府千歲，麻豆代天府李、池、吳、朱、范五府千歲，鎮守本宮，期望諸多神佛共同輔佐聖母護祐廣大信徒。

送老三媽回湄洲的主委--陳榮達
民國七十一年萬興宮依法成立管理委員會，廟務的推展較從前進步。首先推動後殿的改建，奉祀眾神明，也配合民眾的需求安太歲、元辰燈、光明燈、姻緣燈、財神燈、拜南北斗星君、辦理消災法會。在舉辦活動方面除了每年積極推動配合西保二十庄迎媽祖，也舉辦進香活動與台灣各大廟宇進行交流。第六屆管理委員會擬定了湄洲進香與三川殿的改建，未能完成。第七屆管理委員會承辦廟務以來，在主任委員陳榮達的領導下，完成前往湄洲進香的活動與推動三川殿的改建事宜。陳榮達主委在萬興宮大殿捧筶「老三媽」請示駐駕大陸的地點，媽祖指示前往莆田文峰宮、誕生地賢良港天后祖祠、升天地湄洲祖廟天后宮與大肚鄉民祖籍地漳州齊天宮。民國九十六年農曆二月廿四日，陳榮達主委率領信徒近百人恭請大肚萬興宮「老三媽」、「聖三媽」、「二媽」金尊起駕，由松山機場飛底金門，經由廈門在莆田信眾盛大的鑾駕歡迎下，駐駕文峰宮。第二天進入賢良港，地方信眾清道、鑼鼓喧天歡迎萬興宮聖母鑾駕駐駕天后祖祠，眾人參拜「聖父母」，參觀媽祖故居。下午起駕，在文甲碼頭搭船渡海到湄洲祖廟天后宮，祖廟派出盛大的陣頭：舞龍、舞獅、腰鼓隊、旗隊等隆重歡迎，迎大肚萬興宮「老三媽」、「聖三媽」、「二媽」金尊進入祖廟寢殿駐駕，隨即舉行三獻禮，隨香眾善信叩謝媽祖庇佑平安。萬興宮與湄洲祖廟互贈紀念品(大肚飛媽、敕封媽祖聖旨)。第三日全體進香人員在天后宮太子殿前廣場舉行祈福大典。典禮前雙獅獻藝、金龍飛騰，虔備五果、「少牢禮」等供品奉敬。祈福大典時信徒紅綾披肩，陳主委榮達主祭、委員陪祭。典禮過程先淨壇、樂奏迎神，敬讀疏文、化上疏文，佾舞配樂行初獻禮、亞獻禮、終獻禮，三跪九叩，送神，完成祈福大典。第四日在漳州信徒隆重陣頭的迎接下，簇擁萬興宮媽祖駐駕齊天宮，隨即奉香進上表文祈福，在雙方互贈禮物聲中，全體信徒踏上歸程，再度經由廈門、金門，於第五天下午從王田下交流道返抵大肚，恭請媽祖金尊登轎，踩街回宮。沿途信眾以隆重的香案恭迎，或「倰轎腳」，或跪地參拜祈求，媽祖鑾駕經過之處，鞭炮聲不絕於耳，煙火則照亮夜空。途中由保安宮接頭香，聖德宮接二香，忠和朝安宮接三香、龍天宮接贊香、二十庄迎媽祖聯誼會、王田神轎班等迎接媽祖聖駕。在地方政要立委顏清標、副議長林世昌、鄉長林汝州等接駕下，媽祖返抵大肚萬興宮安座，順利在媽祖聖誕之前完成湄洲進香活動，完成進香三年的舊例。

拆三川建五門

萬興宮坐東朝西，廟埕前方有牌樓，後方有層巒疊翠，呈現出一股靈秀雅致氣息，廟的主體結構採華北硬山式建築，正脊上刻有雙鳳翩翩，中間是神人騎虎、側脊上的雙龍雕功靈活生動，栩栩如生，好似遊龍。側門採山牆式建築，直通廂房，護殿兩旁的獅子頎長鮮活，生動逼真。正殿與拜殿間，有丹墀、過水廊柱環列，呈現出一派莊嚴肅穆的氛圍。

萬興宮的年度大事在農曆三月二十三日媽祖聖誕、四月二十日迎媽祖這兩天，信眾們會延聘戲團，管樂齊奏，搬演吿慶，呈現出和平吉祥的歡樂氣氛。其它的四時祭典廟方也都如期舉行，每逢初一、十五廟內有誦經團，為安光明燈的善男信女誦經祈福、消災解厄。每逢謝平安的日子或各神明壽誕之際，信眾們也都虔誠準備珍饈、鮮花、素果前來祭拜，感念神恩。

為了因應觀光需求，台中縣政府與台灣高速鐵路開發出一條「烏大龍觀光巴士」旅遊線，萬興宮是烏大龍觀光巴士著名的觀光景點之一，為此，有一群熱心服務的志工組成一支高水準的導覽團，並在媽祖娘娘的五個「聖筊」應允下，由退休老師─李富美老師擔任團長,志工團秉著和樂與熱忱服務的精神，在周六、日配合觀光巴士邦由客做導覽解說工作，平常日也接受團體申請導覽，除了導覽解說之外，廟方也準備了平安米、飛媽茶、心願卡，供大家免費取用，祈求平安。
除了來萬興宮之外，大肚鄉著名觀光景點還有：追分火車站、萬里長城登山步道、自行車道、磺溪書院、環保公園、森林公園、瑞井古井、緬梔花老樹、望高寮。望高寮位於大肚鄉與台中市邊界的望高寮風景區，是一座大斷崖，因為地勢高，而成了看夜景的絕佳去處之一，沿路上還可以看到數座造型特殊的軍事碉堡，也就是當地人口中的「東海古堡」，這是南太平洋戰爭期間，日本為軍事需要所設置的，為望高寮添加了幾許神祕氣氛。