廍後北極殿創建於清康熙年間，由陳氏倡建於廍後庄厝尾仔（即現今海軍中正堂一帶）；據清康熙五十八年「鳳山縣志」載：元天上帝廟在興隆莊者一。

清乾隆二十九年「重修鳳山縣志」載：真武廟｛俗稱元天大帝廟｝在縣治興隆莊左營廍後鄉...另據民國九十七年余金鳳［左營傳統聚落（一甲至七甲）之開發與傳統信仰］研究指出：據傳左營莊元帝廟所供奉最初的神像為玄天三上帝，是鄭氏時期的二甲曾姓族人在萬丹港捕蝦時下網時網到的，在拾到後即丟棄，然而在屢屢下網捕撈時曾姓族人的魚網裡一直出現那尊神像，後來那位曾姓族人在一直網到那尊神像卻無法丟棄的情況下即在心裡暗想：若真要他來供奉那麽就保佑他能滿載而歸；果然之後那位曾姓族人屢屢下網都能網到很多蝦子；後來他即把那尊神像迎回寄放在廍後的北極殿加以供奉；後獲神明指示ㄧ廟無法容納不同源流的玄天上帝曾姓族人故將其所拾獲的神像金身安座於現今元帝路上的夫人媽廟公祠內......由此論述可知左營莊元帝廟現今的玄天上帝一開始是寄祀在廍後北極殿，可見本殿歷史之悠久。

廍後北極殿歷經多次拆遷重修；於清嘉慶五年經許、卓二氏募捐遷建於廍後庄內（即海軍陸戰隊學校之一隅）。清同治十三年卓隆美重修。

日治時期昭和三年(1928年、民國17年)，由薛占募款重修。昭和十二年(1937年、民國26年)日軍擴建左營軍港，廍後庄遭劃入海軍軍區要塞，廍後北極殿扼遭拆毀，神像被移到高雄大崗山超峰寺，幸好北極玄天上帝等五尊重要金身由薛占等5人藏匿其宅。

台灣光復後民國34年(1945年)，由薛占提倡募款重建廍後北極殿於現址。民國67年(1978年)，由薛順為首，號召信徒出錢出力，再次重建廍後北極殿，民國70年(1981年)完工落成入廟安座，並於民國73年(1984年)元月七日舉行慶成謝土五朝祈安清醮。

民國93年(2004年)，申請登記改制為財團法人。

以道教（拜神）膜拜、參香、上香、獻五獻禮、獻花，以三跪九叩首之禮恭讀祝文，敲鐘擂鼓，焚化祝文，禮儀簡單隆重，由董事長率領全體董監事暨亯徒一同祝壽。

脫稿於清乾隆29年的《重修鳳山縣志》清楚記載「興隆莊」仏只有一間主祀玄天上帝的廟宇，位於廍後，也尌是現今的廍後匇極殿。本殿宮殿建築沿續古厝龍柱、寬樑，外埕寬拓，麒麟、雙獅護殿兩邊龍虎等。唯一左營區廟宇之首創。