康熙二十五年（1686年），普濟殿初次重建落成，方向由坐南朝北改為坐北朝南；乾隆十一年（1746年），石文耀等人曾發起重修；嘉慶二十二年（1817年），石克纘等人再度發起重修，當時住持僧邇蓮禪師，出錢購得普濟殿右側土地加蓋偏殿，奠定一本殿一偏殿的基本規模。此後經歷數次重修，卻於日治時代末期，遭盟軍轟炸，廟前拜亭毀損；一九四五年，再次發起重修；一九七四年，又再度重修，始成今貌。（節錄自《王城氣度》第廿二期）

普濟殿坐落於府城西北，鄰近五條港地區，自古以來商旅雲集、人文薈萃。關於普濟殿的風水位置有種說法：台南整體地形為丘陵，形狀像隻展翅的鳳凰，因而稱為「鳳凰城」，赤崁樓蓋在鳳凰的頭上，而普濟殿則位於鳳凰的鼻子之上。為了「網住」鳳凰，此地街道四通八達，呈現「八卦網」狀，普濟殿正位於八卦中心，為「蜘蛛結網穴」。

如今隨著巷道拓寬，市街改正，街道已經失去其原有樣貌，無法見識傳說中的「蜘蛛結網」，但要是能在行車時感受台南的地勢起伏，或許還能更加貼近這塊如鳳凰展翅的丘陵地