民國二十年間，台中清水有一仕紳吳連外出他鄉患疾，生命垂危。其夫人向天祈褔，如蒙神祐平安歸來，三代願為神明服務，救助世人。未幾果真病癒健康返鄉，吳君即始遵循遺願，始以乩身與許南筆生救世濟人行善鄉里，遠近聞名香火鼎盛。民國三十二年鄉間牛隻感染瘟病，聖王爺往新竹都城隍廟延請都城隍爺到清水治瘟，都城隍大顯神蹟牛隻皆痊癒。後來，鄉民如有疑難雜症皆祈求新竹都城隍爺，亦都能為鄉民解難，於是：鄉民許慈悲逐於大甲敦請福州師雕一新竹都城隍爺回鄉奉祀，至今，神蹟顯赫信徒日眾。逐每年均前往新竹都城隍廟進香，從未間斷。
　　
民國三十三年吳連仙歸，其子吳基水繼承父願，行善鄉里。民國四十八年吳君隨大甲鎮瀾宮天上聖母至北港進香，途經土庫巧遇鄉親黃賀，談及北港路旁有一荒廢之磚窯，有意便宜出售。又新竹都城隍爺扶乩表示，可得此風水擴大濟世。隔年，逐邀苑裡友人賴阿炎、吳阿文、張仕順、蕭萬松遷居於土庫，城隍爺暫奉於吳基水家中，未幾，賴阿炎捐地二百餘坪供建城隍廟之用。民國五十年始興建原廟，取名為「鎮南府」，供奉新竹都城隍爺，至今，後又改為「土庫都城隍廟」。

現今土庫都城隍廟重建中，預計民國一百年入火安座，本廟急需各項經費的捐助，歡迎各位善信來廟參拜，祈求身心靈的平安。