佔地五百餘坪，座落於美濃鎮瀰濃里永安路，坐北朝南前臨美濃溪、羌仔寮溪及竹子門溪三條河流會合處（又名三洽水）的美濃天后宮，除了是美濃地區神聖靈異之堪輿佳地外，亦因地靈人傑、鐘靈毓秀，成為民眾宗教信仰及修心養性的最佳處所。

有關於美濃天后宮媽祖娘娘金身的來源眾說紛紜，但據美濃鎮誌及台灣廟寺名鑑記載，及地方耆老古恭信先生指稱，美濃天后宮建宮的緣由，相傳是於清朝同治元年（西元1862年），彰化地方領袖戴潮春（又名萬生），運用「八卦會」組織發動了一次大規模的抗清行動，整個的抗清民變從台中、嘉義延展到台南府。戴潮春本人雖然於同治二年（西元1863年）事敗投案被斬後，他的許多餘黨林日成、洪從、嚴辦、呂梓等，仍分散各地繼續抵抗，直到1865年（同治4年），才全部被清軍平息，事件前後歷時四年。

在戴潮春的抗清行動中，當時的台南府亦為暴徒盜匪所佔，官兵衙役及府台大人們都被監禁。該事傳到六堆右堆的瀰濃庄時，當時的居民李龍清、李鳳清（客委會主委李永得的先祖）兩兄弟，率領右堆三百餘名義勇軍，前往台南府救援，在今台南市東門樓處，將登城戡查的暴徒首領用鎗予以擊斃。

其餘暴徒在獲悉匪首被人鎗殺後，遂四散逃逸。李龍、李虎兩兄弟在攻城告捷救出官府後，立即乘勝追殺到大目港（現今之新化)，後又趕至焦吧哖（現今之玉井市區)，最後來到大武壟（現今之玉井之望明村)，皆不見餘匪的蹤影。

當李龍清、李鳳清等人來到大武壟時，當地供奉媽祖娘娘的信徒，正從北港進香回到庄內遊境，遊境之信徒未免被義勇軍誤以為是匪徒而遭殺害，遂放棄遊境各自逃命，並將神轎及三尊媽祖娘娘的金身留在神轎內，遊街的彩旗及各種民間藝技用品，則棄置於原地。

李龍清、李鳳清等人除了追殺不到匪徒，在庄內卻也不見任何人影，覺得非常奇怪；心想如果此時收兵回台南，半途遭到匪徒攔截反擊豈不慘哉，於是請示媽祖娘娘准予假作遊境，全部人員因而平安回到台南府城。

當眾人安扺台南，府台大人為求感謝義勇軍的救援有功，欲報請朝庭封賞時，李龍清率隊的義勇軍感恩媽祖娘娘的庇佑，因而要求府台大人允予將三尊媽祖娘娘的金身請回瀰濃奉祀。

過去一百六十多年以來，媽祖娘娘的三尊金身就一直安置在瀰濃庄的民宅內，並由當時住在下庄的林享金先生、中庄的邱天寶先生及邱欽盛先生等人的先祖奉祀，及受到地方民眾的景仰奉拜。

但是好景不長。日本於光緒二十一年（西元一八九五年）甲午戰爭大敗清軍後，逼迫清廷簽訂馬關條約，將台灣及澎湖割讓給日本。翌年台灣及澎湖正式淪為日本的殖民地後，日本積極在台澎地區開始推動皇民化的天皇統治，數千年來中國人的傳統民間信仰，一夕之間遭到摧殘迨盡。日本人更惡意的四處破壞廟宇及毀神尊。

為了避免媽祖娘娘的金身受到損毀，信徒邱天寶先生（邱國源老師的祖父）暗地裡將其所奉祀的媽祖娘娘金身，移駕到目前廣善堂興建前的草寮暫時奉祀，默默的敬拜。但是另外兩尊的金身則下落不明。一直到第二次世界大戰日本投降撤離台灣後，傳統的民間信仰才得以重見天日的持續推動。

民國四十年，光復後的美濃，第一次由廣善堂主導進行廟會遊街活動時，遊行的隊伍來到橫街及永安路口時，載乘媽祖娘娘金身的輦轎神威大作，抬轎人如同起乩般的飛奔進入香蕉園及長滿荊棘的刺竹園，來到目前天后宮的現址處停留，但是輦轎卻搖晃不停，而且抬轎的人毫髮未傷，令人嘖嘖稱奇，似乎意味著要擇址蓋廟大顯神威。

有感於媽祖娘娘的顯靈，於是邱天寶先生、廣善堂的創辦人古阿珍先生（目前廣善堂堂主古信來先生之父）、以及鍾晉喜先生（前東門國小校長鍾兆銘先生之父）等人，共同來到媽祖娘娘擇址之處堪察整地，並獲得吳瑞祥先生（吳文忠檢察官的先祖）派下嘗田的吳家子孫慨捐土地，以及協力扶資興建下，而於民國四十一年五月四日先行搭蓋草寮，迎請媽祖娘娘金身回駕安座奉祀，正式訂名為美濃天后宮，接受信徒的敬仰朝拜，同時共推邱天寶先生擔任首任堂主。

到了民國四十二年，邱天寶先生、古阿珍先生、以及鍾晉喜先生等三十四人，發起建廟興建事宜後，於同年的五月吉日動土鳩工，到了民國四十五年二月十九日後殿竣工落成，媽祖娘娘金身高昇安座。後續的前殿工程亦於翌年動工興建，於民國五十一年完成。廟前的牌樓於之後的劉阿添先生擔任堂主時，於民國八十二年風光的興建完成，成千上萬的信徒受到媽祖娘娘的感召而至，美濃天后宮名不虛傳的成為好山好水的美濃重要宗教聖地。