慈雲寺創建於清光緒二年（公元1876年），主祀觀音佛祖，配祀地藏王菩薩及註生娘娘，靈應顯赫，信眾遍及北部
縣市、鎮，因之地名號佛祖嶺，里名慈雲，巷稱觀音，新設社區曰慈仁，皆示崇仰之由以也。

佛祖嶺草徠之時，為一連亙之平緩山坡（今之安樂區干城里），漢明初來，建簡陋木屋，祀故土攜來觀音佛祖香火，靈異屢現，護佑移民，雞籠人士，乃倡議遷建，善士黃紅毛、何鼎鍾獻地支持，得順利興建佛殿於基金公路下現址。

初建成時，只有內殿規模，數年後發現廟基地勢偏低，於是有二次重建之議，乃有街內紳耆顏國年、林清芳、林榮
欽、汪福蔭、簡土生、曾新助、黃德良、羅欽、劉石乞、林新富、張添福　、楊萬賜、劉通、羅和、莊敬、林登元
、連葉純等發新輸將，與推動勸募，各地善信踴躍響應，於焉民國十一年一月二日完成重建，同時增築外廊拜廊，奠定今日之規模。

落成是年，首次舉行『祈安慶成醮典』由當時地方領導人楊火輝、簡烏、陳土、鄭萬頭、童友、簡瑞、李家齊、張保等執行設壇、普施、熱鬧異常是基隆一大盛事，轟動遐邇。民國十五年二月三日蔡友恭、簡得麟、楊矮，發起成立慈雲社音樂團，並恭製韋護二尊軟胎大神像（俗稱大身尪），保存傳統民藝及北管音樂。

本寺管理，向採公推地方公正知名人士，董其事，民國十一年二次重建完成，推林清芳、羅欽、簡土生為首任管理人，繼由劉石乞、汪福蔭接任林、簡之遺缺。民國三十年由羅盛水承接羅欽遺缺，並正式登記為獨任管理人。

民國六十三年，依據現行法令成立信徒大會，選出管理委員九人，監察人三人，互選李元吉為第一屆管理委員會主任委員。六十五年十月百年大慶由陳市長正雄任奉帛官，李主任委員正獻主祭。七十一年改選，李元吉、簡得麟、廖嘆華為常務委員，童坤、簡天送、曾慶旺、潘定枝、李阿生、郭清榮為委員，汪水火為常務委員監察人，林慶福、鄧水為監察人，仍推李元吉連任主任委員。七十八年十月改選，李元吉、李阿生、汪水火為常務委員，洪連成、李林寶玉、蔡石美津、陳添貴、潘銘瑞、賴連生為委員，推李元吉連任地三屆主任委員。曾慶旺、徐原吉、林煌基為監護人，推曾慶旺為常務監護人。

自管理委會成立後，全體委員、監察人協同銳意整頓廟務，咸認廟貌破陋，為順應潮流及復興中華文化，醫致倡議整修殿宇，在不損舊觀與擴展設施雙重要求原則下，大興土木，除內部修飾外，並增築兩翼廂房，頂為鍾鼓樓，新築山門、戲臺中殿、後花園、餐廳、康樂館、法雨大樓等陸續峻工，輪奐之美，巍峨輝煌，至此格局恢宏矣！

民國七十八年，開設太歲殿，安奉值年太歲，強堵雕刻六十太歲星君。文昌殿，祀五文昌帝君，樑堵雕以歷代鴻儒七十二木刻聖像。大成殿、祀至聖先師孔子，以揚文正俗，佑賜學子著錄科名。七十八年本市善信何方女士，早先自大陸古剎寒山寺，迎回大勢至菩薩古佛金身，感於在家祀拜，恐有冒瀆，轉贈本寺，亦闢設專殿奉祀，供善信膜拜，以示尊嚴。

本寺囿於地形，拓展有限，惟求精緻，如藻井、樑柱斗拱、壁飾、簷飾，接招本省名匠，以精巧手藝，細工雕琢，保存民俗固有之木刻，石雕藝術精華，琳瑯滿目，置身其中，自然肅穆，猶如佛光所擁抱，真善美盛大足具矣！

近年來工商衍繁日昌，社會結構驟變，極需配合政府進行社會福利，亦為善信起造功德，辦理公益事業，洽鄰地舊屋出售，乃予收購，並申請畸零公地，合併新建法雨大樓，於七十七年五月二日破土動工，巍巍樓高七丈二尺六，計七層，二百三十七坪半，供香客休息、辦公、圖書閱覽、講經學習，民俗文物展覽支用。此皆為委員、執事等濿心匠意及善徒之虔誠奉獻之成果。是本寺一本「獻香、書香、花香、社會，善果功果福果因緣」宗旨而為，爰特在法雨大樓落成之際，僅志沿革，共頌我佛德澤，佑啟是鄉，鐫碑永為紀念。