建廟疑雲
南瑤宮的創建起源，至今仍缺乏可資佐證的詳細資料，現在只能從日治時代日人留下的《寺廟台帳》與宮內所存的沿革碑，加上相關文獻與里民口傳綜合推敲。

相傳在1723年（清雍正元年），彰化設縣，窯工楊謙自諸羅縣（今嘉義縣）笨港南街來此應募工事（可能是到瓦磘莊做工燒瓦），隨身攜帶媽祖香火袋庇身，楊謙將香火掛在工寮內，每當入夜附近居民就可見到此處散發五彩毫光，咸認為是神明顯靈，於是地方仕紳集資雕塑媽祖神像，奉祀在附近的福德廟內，居民參拜屢稱靈驗，遂香火日盛。1738年（清乾隆3年），瓦磘莊民陳氏捐地建祠，時稱「媽祖宮」，同年11月，總理吳佳聲、黃景祺、林君、賴武等發起募資興建殿宇，雕塑五尊神像，取彰化縣城南門之「南」與瓦磘莊的諧音雅字「瑤」，正式定名為「南瑤宮」。

大正年調查的《寺廟台帳》記載的是「........丙 沿革....創立緣起....嘉義廳斗六魚寮莊住民，陶工楊謙，虔誠信仰北港媽祖廟天上聖母，並於自家中供奉神像。乾隆元年（1736），移居瓦磘莊即現在之大埔莊，隨即宣揚其靈顯事蹟。故而當時彰化總理林楊及李、賴蔡各姓諸同人共同籌款，塑造天上聖母神像，以供奉祀。至乾隆三年（1738），遂在瓦磘莊陳氏土地上，創建茅草小祠，安置神像，名為媽祖宮。」

雖然大部份的記載都傳南瑤宮建於1738年，但是建廟年份在官方誌書中卻未有記錄，有之者僅周璽在清道光年間修纂的《彰化縣志》中提到「一在邑治南門外尾窯，乾隆中士民公建」，而非「乾隆初」。再者，南瑤宮在日治時期經歷17年的改建工程，1936年完工後在前殿左側立有一塊紀念改築的「沿革碑」，碑上刻文卻指建廟年代為1749年（清乾隆14年），兩相差距11年，但較符合《彰化縣志》「乾隆中」的記載。

卓克華2006年出版的《寺廟與台灣開發史》一書中，另摘錄有一則南瑤宮較為傳奇的建廟緣起：

“ 近人林文龍亦採訪記錄一則傳聞：相傳清朝雍正年間，有笨港南街的居民楊謙受僱至彰化南門外瓦窯工作，隨身攜帶有笨港天后宮的香火袋，以祈求旅途平安；事畢楊謙返笨港，將香火袋遺留工寮內。某日，忽有女人直立在瓦窯邊大聲疾呼：「瓦窯將陷，趕緊逃命！」大家聞聲，競相逃出。正驚奇間，瓦窯崩落，而女人不知去向，大家共同認定是神靈顯聖救難，在清理工寮時，赫然發現楊謙所留下之香火袋，眾人咸認為係笨港天后宮媽祖有意分靈彰化，因此香火袋暫奉土地廟，後顯靈事蹟傳遍遐邇，終於在乾隆初年建廟以祀。 ”

修繕風波
南瑤宮在十八世紀清朝乾隆年間曾經兩度修繕，1802年（嘉慶7年）再倡重建，擴大廟基五倍。到了日治時期，「終感湫隘為不便」，由於香火旺盛，廟宇空間又嫌狹窄，遂成立「南瑤宮改築會」，耗資六萬日圓，於1916年完成改建，成為一座混合中西日式風格的廟宇，不過「信徒排斥這種非台灣傳統寺廟式樣，致香火日衰」，廟方無奈，只好藉口「填基不實、砌造不牢、地坪陷塌，兼之白蟻為害，勢難耐久」，「乃於其前方另建今之正殿，而將本殿改奉觀音」。之後經歷17年，才又完成前後各殿及兩廊建築，廟貌一新，並在三川殿（前殿）前左側立一「沿革碑」，詳實舖述南瑤宮的歷史與沿革，兼具歷史與藝術價值。

換龍袍
台灣民間習俗，分靈廟宇有向本廟「謁祖進香」的習慣，因此南瑤宮自古有到笨港天后宮進香之禮。此外，昔日南瑤宮有感楊謙從笨港帶來香火之勞，是以到笨港進香時，都會到楊氏祖屋拜訪楊氏子孫，楊家感於擔當不起此份大禮，特請南瑤宮再分靈一尊媽祖神像，以為奉祀並作紀念。如此探望楊家大禮，便為「神對神」同格進香，而非「神對人」的屈尊謁拜。

楊家的這尊媽祖因是私人奉祀，財力較差，沒過幾年媽祖的神袍便破舊不堪，因此南瑤宮至笨港進香時，就把南瑤宮媽祖的新神袍順便換給楊家媽祖，俗稱「換龍袍」。後來楊家男丁被日軍強徵到南洋當軍夫，從此子孫絕嗣，楊家媽祖遂遷祀到南港水仙宮，1962年起，換袍禮也改在水仙宮舉行。

2002年水仙宮旁新建笨港天后宮，楊家媽祖遷祀天后宮，尊稱為開台祖家媽，換袍禮此後改在笨港天后宮舉行。

南瑤宮的前殿包括中間的三川殿，和左右兩邊的龍虎門。「三川殿」又名「三穿殿」，為開闢三門以供穿越之意，左翼龍門，右翼虎門，併稱「龍虎門」或「五門」（合併三川殿的三門一共五扇門）。三川殿面寬30.32公尺，深9.96公尺，殿前兩側豎立一對蟠龍巨柱，昂頭相向。正門有石獅驅邪鎮宮，為青斗石雕。內拱藻井，為泉州惠安溪底派匠師王樹發之作，成正八角形，中置太極八卦鎮邪。牆堵上的石雕和交趾燒雕工精細，兼具古蹟藝術保存價值。

三川殿屋頂為「斷簷升箭口式」，中間升起，簷口線高低錯開，強化了屋頂形式尊卑，也增添了視覺美感。頂端曲線往兩旁呈燕尾狀揚起，中有福祿壽三仙，兩端雙龍飛騰，垂脊尾端有人物山林、花草走獸等剪黏、交趾燒作品。屋頂舖列筒瓦，瓦當滴水排列有序。三川門正門門板上繪有雙龍戲珠，左右兩側則各繪一對仙水手持貢盤，伺奉天上聖母。

正殿
中埕廣場與左護龍

正殿香火終年不斷
南瑤宮的正殿為重簷歇山式建築，寬11.5公尺，深14.92公尺，是1924年新莊吳海桐所設計，其架棟較硬，喜用圓斗，技法多變，可謂台灣廟宇的經典建築。正殿主祀天上聖母，香火終年不斷，因此正殿木架構造上的雕刻與彩繪已被薰黑，掩去多彩的原貌。

正殿兩側建有長型廂房，為左右護龍，各自隔成三間廂房，左護龍中間廂房供奉國姓公，右護龍中間廂房供奉長生祿位，祀念對廟有功人士，其它廂房則作為儲藏室及輪值人員的住宿房間，或是接待室、辦公室及會議室之用。護龍屋頂為硬山式，舖設筒板瓦，瓦當滴水構成井然有序的前簷線，屋頂裝飾相較之下極為簡樸。護龍與正殿之間以日月洞門區分中庭後庭，中庭廣場為一開闊空間，主要用來擺放祭品、舉行儀式，地面舖設長方大石，中置一只銅製大天公爐，爐耳形狀為倒立雙龍南瑤宮最具特色的建築當屬位置中央的觀音殿，融合日本和式及希臘巴洛克式風格，與台灣傳統廟宇大異逕庭。觀音殿的格局比正殿還大，寬16.62公尺，深13.78公尺，四周有廊，建造初始原為南瑤宮正殿，後來受到信徒排斥，才在觀音殿前方再另建正殿。觀音殿主要為重簷歇山式的木造建築，構材多為檜木，木作雕刻以菊花代替傳統的花草人物，外牆為日式清水磚牆。屋頂採西洋壓簷牆法，下簷加簷牆欄桿，迴廊柱頭為希臘多立克柱式造型，殿前有一六邊龜甲造型水池，池中原有一尊著名匠師蔣馨雕琢的李鐵拐石像，惜已被盜，目前的石像為廟方仿照之作。

觀音殿內有銅製天花板、十八羅漢洋式框架壁飾及日式神龕，中西日式齊聚一堂，這種合璧式建築在1920年代頗為流行，南瑤宮不僅保留了當時的文化，也在建築上享有地位。

後殿
雙龍護塔與鳳凰來儀

護龍窗口對聯怪字
南瑤宮的後殿又稱大雄寶殿，或天公殿，1973年建成，是一座現代鋼筋混凝土結構的三層樓建築，寬12公尺，深12.8公尺，屋頂仿傳統廟宇造型，上簷為歇山式燕尾脊，飾有雙龍護塔，戧脊尾部有四隻鳳凰，有「鳳凰來儀」之意，下簷為廡殿式。一樓供奉廣澤尊王（俗稱郭聖王），二樓供奉三官大帝，三樓供奉玉皇大帝，兩邊側間為廚房、廁所、儲藏室之用。

後殿左右建有香客大樓，左側建於1978年，右側建於1982年，也都是現代鋼筋混凝土結構的三層樓建築，寬11公尺，長20公尺，一樓皆作各媽會會館辦公之用，並闢有餐廳，二三樓則供香客住宿。香客大樓屋頂上半部為平頂陽台，下半部則仿廡殿式造型，四面簷角有仙人走獸四尊。各樓走廊都有白色水泥欄桿，欄板有簡單紋飾，柱頭為圓柱形