鎮南聖神宮為乾隆三十八年（1773年）創建的古桃城南城鎮南宮、及乾隆五十八年（1793年）創建的文昌閣合祀後總稱。1906年大地震，嘉義文廟倒毀，日本政府將文廟原址改建醫院，孔子聖牌遂移到文昌閣奉祀，期間又一度遷祀到嘉義廣寧宮，1936年鎮南聖神宮重建後，聖牌再遷回鎮南聖神宮。

皇民化運動時，廟地被繳作嘉義濟美仁愛之家。當時日本政府統合六十三間寺廟財產，各寺廟推選代表三至六人，組織代表會成立名為「濟美會」的救濟組織，並集中所有神像於嘉義城隍廟、嘉義九華山地藏庵、與鎮南聖神宮。

戰後初期，此廟曾作為嘉義市調解委員會工作之用。今址為嘉義市共和路118號，嘉義共和市場內，屬文昌里，有「南門廟」、「舊孔廟」之稱。