鳳山縣治本在興隆莊（今高雄市左營區），有原鳳山縣城隍廟。清乾隆五十一年（1787年），林爽文興兵反清，興隆莊戰火所及，殘破不堪，鳳山縣縣治遷至鳳山縣新城（今高雄市鳳山區）。

嘉慶五年（1800年），知縣吳兆麟於新城鳳儀書院旁另建新廟，即本廟，並在廟內立一座「忠節流芳」石碑，以表彰林爽文事件時期殉難的縣令湯大奎、湯荀業父子與典史史謙。

舊的城隍廟因位於鳳山縣舊城，遂更名為舊城城隍廟。

咸豐五年（西元1855年），貢生吳春華倡修。咸豐九年（西元1859年）裝修，知縣馬慶釗捐獻銀錢，造戲臺，兩修均以勒石為記。

臺灣日治時期之初，鳳山城隍廟一度被總督府徵用，改作陸軍病院。明治四十一年（西元1908年）鳳山廳參事林靜觀等發起重修。1967年再修。

本廟的石獅子為從鳳山神社徙來的高麗犬，頗樹一格。