台鐵火車
1.台鐵台南火車前站下車到圓環邊搭往鹽行的5路公車,到開元站下車. 過馬路沿北園街直走200公尺.
2.台鐵台南火車前站下車到中山路搭往新化,左鎮,楠西,玉井的興南客運,到開元站下車. 過馬路沿北園街直走200公尺.

高速公路
1.國道一號南下永康交流道下,往台南方向直行,到中華路左轉. 經過奇美醫院再過天橋,直走約500公尺右轉中山南路接台南市開元路. 在"名佳美精品店"右轉北園街直走200公尺.
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開元寺的前身是明鄭永曆三十四年（1680年），延平王鄭經為奉養其母董太妃而建的北園別館，而在董氏去世後該園遂廢，此外鄭經長子、監國鄭克

開元寺坐西朝東，在蔣元樞整修之後為四殿兩廂房的建築群，為符合伽藍七堂的寺院。

從北園街上的山門進入後，便是寬廣的廟埕，廟埕北邊立有碑亭。

而過了廟埕之後，便是三川門，其中央寬五開間，有三對由臺南名師蔡草如所繪的門神，分別是中央的韋馱與伽藍護法與兩側的四大天王。

而在三川門之上，外掛有「開元寺」匾，內則掛「小西天」匾，門旁還有清代名士林朝英所書的楹聯。

而在三川門之內，則於兩側供奉哼哈二將。

進了三川門後，其後便是彌勒殿（天王殿），左邊則為開山堂，右邊為淨業堂。

彌勒殿供奉彌勒佛與四大天王，而在彌勒佛背後則供有韋馱神像。

開山堂裡因該寺與鄭經與其母董夫人有淵源，而供有延平郡王鄭成功神位，此外堂中還供有弘法大師塑像及西天東土歷代祖師香位，牆上還掛有歷代住持畫像並附略傳。

弘法大師塑像是已廢寺的日本時代真言宗臺南高野寺的遺物。

淨業堂裡主祀地藏王菩薩和眾多信徒的牌位，而乾隆年間的知府蔣元樞重修該寺時所立的「重修海會寺圖碑」正存放於此堂中。

彌勒殿之後便是大雄寶殿，供奉釋迦牟尼、普賢菩薩與文殊菩薩，另外還陪祀了多尊菩薩、尊者與十八羅漢。

而在此殿中亦存有康熙時由首任住持志中禪師閉關三年募款，於康熙三十四年（1695年）鑄成的銅鐘。

而經過大雄寶殿後方的拜亭之後，便是大士殿。該殿為新建的鋼筋混擬土建築，一樓中央為正殿，供奉觀音菩薩，其左為功德堂，右為南山堂，而二樓中央則主祀千手觀音，旁有小型的地藏王殿與鄭王殿，此外這裡還附設有民國六十八年（1979年）創辦的「慧光圖書館」。

其中南山堂是紀念佛教南山律宗創始人道宣而建，而功德堂裡則有北園別館時的古井，因鄭經的生活起居用水來自此井，故名鄭經井，此外這裡還有當年鑿井挖出的白色海螺化石，乃鎮寺之寶。

在彌勒殿與大雄寶殿的兩邊有左右護龍，其中左護龍仍是日治時期昭和八年（1933年）整修時的樣貌，呈現日式建築的素木風格，於此設有禪房、客堂與父母堂。

右護龍則已改為磚石建築，其中設有供奉禪宗達摩祖師的祖師殿。

而在護龍之外，則有新建的二層樓禪房