【大眾運輸】
客運
從台南火車站坐88路公車在水仙宮（五條文化園區）下車。

【自行開車】
開車從永康交流道下來→往中正北路直走經西門路(直走,不要轉彎)→西門路跟民權路的路口就可以看到水仙宮的牌樓了。

該廟的前身最初是在清康熙二十三年（1684年）時由該地商人集資創建供奉水仙王之廟，當時只是間茅頂竹柱篾壁的質樸廟宇。到了康熙四十年（1701年），才改建為磚壁瓦頂。而四年後，臺灣縣知縣王仕俊將一間大店與四間小店的租金做為該廟香火來源。後來於康熙五十四年（1715年），原任臺灣水師左營遊擊的卓爾壇號召泉漳商旅集資重建，並聘請潮州工匠前來主持建築工作，耗費四年方完工。完工後，臺灣府知府王珍捐獻了「著靈鰲柱」匾給該廟。

廟內擺放的出巡用旗。上寫三郊三益堂之名。
到了乾隆六年（1741年），臺廈商旅陳逢春等人重修廟宇，並填平廟前的南勢港道以為廟埕，又購置店鋪以供香火、立碑於廟前埕覺津寺、建造後殿及獻「萬水朝宗」匾。而乾隆二十八年（1763年），北郊商人蘇萬利等人集資修廟，為郊商參與廟宇維修之始。次年，由於水仙宮廟前小港淤塞，被附近居民侵占，於是當時的臺灣府知府蔣允焄下令拆除違建並增廣廟埕，事後立「水仙宮清界勒石記」石碑在廟中三川門內。之後在嘉慶元年（1796年），三郊大修水仙宮，並改廟北十三間店鋪為「三益堂」，為總理三郊事務之辦公室；同年原奉祀在後殿的福德正神移到佛頭港景福祠合祀。之後道光十三年（1833年）、光緒三年（1877年）時，亦有整修。

進入日治時期後，由於三郊資助過劉永福抗日，以及與中國大陸內地間的貿易之中斷，導致三郊商號不是被查抄就是倒閉，連帶影響到為三郊所管理的水仙宮。日本大正五年（1916年）時曾進行整修，但在昭和十六年（1941年）時，臺南州知事一番瀨佳雄（一番ヶ瀨佳雄）宣布解散原三郊與洋行買辦合組的「台南三郊組合」，併入「台南商工會議所」，並拍賣包含水仙宮在內的三郊產業，不過水仙宮與大天后宮因為總督府官員宮本延人及其他官員介入而暫緩處理。然而在第二次世界大戰時，水仙宮被盟軍轟炸，導致中、後殿毀損。後來在中後殿蓋了防空洞，而水仙宮只剩下三川門殿。而原祀奉於正殿內的五尊水仙尊王鎮殿金身，在水仙宮正殿拆除後，據傳金身被移往同屬三郊管理之大天后宮寄祀。

民國四十三年（1954年），由郭炳輝發起在僅剩的三川門殿及部分中庭重建水仙宮，僅剩一進。之後民國七十四年（1985年）又整修過，約三年後完工，並於七十九年（1990年）為此建醮。現民國一百零四年(2015)正重修中，神像移奉至旁邊水仙里活動中心。

今天的水仙宮只剩下一進，已不復當初為七寺八廟之一時的恢弘模樣，廟宇周圍並成為了市場。不過廟內仍留有了一些古物，如蔣允焄所立「水仙宮清界勒石記」石碑和日本大正六年時的「重修水仙宮碑記」。

另外由於廟中有供奉大禹的關係，所以廟門上沒有門神，而以門釘裝飾。