明朝時期
永曆十六年春（西元一六六二年），征伐台灣北部，登陸於南崁港，駐紮虎頭山下（即今五福宮址），樟樹下張幕置案，奉安玄壇元帥神像香火，清沾拭塵，印劍供前，營盤戎旗二十八宿，全軍幸得玄壇元帥之神威護佑，繼征鶯歌、淡水、基隆等各地，參將陳絳純駐守淡水，千總蔡先熙戎旗本營（營盤口即今五福村），將本營武坊玄壇元帥寶座書聯曰：呵護朱明顯聖扣東都，玄武英靈驅邪來北極。

永曆十七年（西元一六六三年），千總蔡先熙，建造茅屋，奉請玄壇元帥鎮守中館，館門書聯曰：威震蠻夷宏開漢家業，華夏肇慶衍祚天地長。
永曆十九年（西元一六六五年）明軍征台順利，鄭經褒忠諸將士，獎之以祿，叩拜天地百神，崇之以祀，封稱玄壇元帥為開台元帥，將中館敬號為「元帥廟」，年年慶祝開台元帥千秋。
永曆三十七年（西元一六八三年）七月，鄭克塽信知天命之所歸，繳奏版籍土地人民，歸順大清，明軍各鎮坊士卒解甲，各自流移，千總蔡先熙已七十有一，順隱漳浦晚年。但因征伐同仁，來往於元帥廟，會親共祝千秋，遵循成例，均沾雨露，陳述維護元帥廟，由憑成例來自於此焉

清朝時期
迨清康雍年間北臺日漸開發，墾殖輔蕃日漸有成，平埔族原住民開始對漢人放佃招租，昔日南崁玄壇廟（元帥廟）已漸成為南崁社與坑子社等平埔族與漢人信仰、生活、教育中心。
乾隆四年（西元一七三九年）坑子社漢佃陳老備銀二十四兩，請南崁玄壇廟住持周添福（福建泉州府晉江縣人氏）代為報課陞科，繳納租谷，但周添福擅自把租谷當成香油錢，盡施於南崁玄壇廟，以為重修廟宇之用。
乾隆五年（西元一七四Ｏ年）寺宇朽敝，經鄉善斥資重修，此次的重建必與前之簡陋草寮小祠截然不同，遂有志書誤記「南崁廟口庄元帥廟及大眾廟」建立於此年，實屬有誤。
乾隆十五年（西元一七五Ｏ年），嗣後因應時變，增設官制，主持民政，同時南崁玄壇廟住持周添福，宣道佈教，承述開臺玄壇元帥之跡，由以赫聲濯靈，無不靈驗，故信者奕篤，香煙愈盛，原建之廟宇不能滿足庄民之所需，於是年廢除馬舍，擴建廟基，厥功最大，後人感念，設立「開基施主周添福」祿位乙座供奉。
清乾隆廿五年（公元一七六Ｏ年），今大眾廟附近一帶原為墳墓區，因見枯骨暴露，鄉民不忍其慘狀，南崁總理李元田、熟番土目何順乾等發動南崁附近居民，募金建築大墓及大眾爺廟以納枯骨。
嘉慶十三年（西元一八Ｏ七年），廟宇年久破損，黃仁壽、童仁等發起重修，自此廟貌更為壯大，祭典更為殷盛。
嘉慶十五年（西元一八一Ｏ年），虎茅庄（即今霄裡、八德、中路、茄苳溪、埔子、大樹林、水汴頭、南崁等地方）繁榮，舉庄全邑，朝至元帥廟，祈安建醮。
道光三年（西元一八二三年），神恩顯赫，光被八宇，神恩永存，萬民欽仰，聲振全臺，四時旗鼔宣天。同年冬，舉行祈安建醮，今廟中獨存鎮宮之寶「道光參年冬，南崁暨各庄，元帥廟，祈安建醮，捐緣眾子弟同立」之石香爐乙座，至今已一百八十餘年矣！
同治五年（西元一八六六年），本邑諸先賢，倡議改建廟宇，一倡百隨，改建為前後二楹，增加後殿、拜堂，廟貌煥然一新，並增建「聖蹟亭」，亦名「惜字亭」乙塔，以供焚化字紙、祭文、祭器等，焚化後之字灰，美其名為聖蹟，至翌年始告完竣。
同治六年（西元一八六七年），將「元帥廟」改號稱「五福宮」，並兼祀觀音佛祖、註生娘娘、五谷先帝、哪吒太子、天上聖母、國姓爺、齊天大聖、福德正神、馬舍公、印劍兩童爺等諸聖神。
光緒四年（西元一八七八年），廟宇屋根全部破損，呂際榮、李榮智等發起五大庄庄民募捐重建，募集九百七十六圓，同年九月廿一日起工修外貌，翌年二月四日竣工。
光緒廿八年（西元一九Ｏ二年），祈安建醮，至光緒三十年（西元一九O四年），祈安完醮。

日治時期
日治大正十三年（西元一九二四年）九月大颱風，廟宇遭損嚴重，乃由庄長康德恭及紳士林呈楨、陳圭璋、王深坡、徐藍生等十八人集議重建，經五大庄民及大溪郡大溪街民之熱心捐助下，於十二月一日動工至翌年十二月竣工，擴建為前中後三進，佔地一百五十餘坪，今之廟貌即奠基於此時，廟中宮柱石質，精鑿舞龍，棟樑椽木及門窗四壁均漆畫細緻，有美輪美奐之觀。
日治末期，日本殖民政府推行皇民化運動，禁絕本省宗教信仰，由當時本省籍蘆竹庄長帶頭強制將五福宮鎮殿玄壇元帥、印劍兩童爺等大型神尊運至桃園文昌廟內關禁；所幸開臺玄壇元帥等小型神尊均由當時元帥爺乩身與南崁五大庄林姓、李姓等善信事先請回自宅中藏匿奉祀，祭拜時均需偷偷請出祭拜；光復後，才前往各善信宅中與文昌廟迎請回開臺玄壇元帥等神尊奉祀。

民國時期
民國四十六年（西元一九五七年），成立祈安禮斗大法會，四十九年經楊清漢、曾明、林金磚、王金來、黃古等人，協議鳩資重建廟貌，五十一年隆重舉行祈安建醮，五十九年祈安完醮。
民國五十二年（西元一九六三年），首次成立管理董事會，歷經數屆，歷任董事長為王金來、林金磚、林文雄等人。
民國六十年（西元一九七一年），於廟埕左前側添見金亭。
民國六十三年四月（西元一九七四年），增鋪地面磁磚。
民國六十五年（西元一九七六年），於廟右側增建禪房大樓。
民國六十六年（西元一九七七年），改建後殿為二層建築，上為觀音佛祖殿、下為餐廳，並建造「使者公蛇洞」以安置神蛇。

民國七十四年八月十九日（西元一九八五年），內政部為保存此一重要文化資產，明定公告，指定五福宮為國家第三級古蹟，同時由地方鄉紳倡議並協助募款集資，完成收回廟邊土地房舍。於七十六年間由廟方無償提供土地並出資三分之一建廟費用，與蘆竹鄉公所合建老人會館，景觀公園。一樓由廟方使用，二樓老人會館，三樓共同使用。

民國八十一年（西元一九九二年）奉令改組為管理委員會，首任主任委員林文雄，民國八十九、九十年三初第二、三屆改選，由陳宗賢當選接任主任委員迄今。
民國八十六年（西元一九九七年）文建會斥資修建古蹟，於民國八十七年（西元一九九七年）二月間動工修繕，歷時二載完竣。
民國八十九年（西元二ＯＯＯ年）舉行五朝祈安建醮。擬定民國一Ｏ一年（西元二一Ｏ二年）完醮。
民國九十三年（西元二ＯＯ四年）年底，正殿增設文昌帝君，以祈善信金榜題名；並再加雕刻註生娘娘，以佑善女生產平安。
民國九十四年（西元二ＯＯ五年）三月間，因聖蹟亭位於道路邊，為避免召到車輛撞擊破壞，特擲筊請示玄壇元帥後，遷移至五福宮左側金爐旁五福一路公園內，座向亦照原方位安置，並立一「聖蹟亭遺址」於原處以為後世流傳。該年正值金雞年之靈動，遂將清道光年間之古香爐移至大殿前讓信眾沾沾靈氣，升官發財。
民國九十五年（西元二ＯＯ六年）四月十三日，「臺灣武財神玄壇元帥宮廟聯誼會」於五福宮舉行成立大會暨聯合祝壽大典，計有大溪仁安宮、頭城鎮安宮、丸山保安宮、大進澤安宮、烏日玉闕朝仁宮、草屯敦和宮、溪湖通天宮、清水壽德宮等各地方宮廟奉請玄壇元帥神尊蒞臨交流。同年十二月間，因使者公蛇洞年久潮濕，易生病菌，特拆除重建。並於後殿二樓後面加蓋一殿以安奉斗燈，且增設南斗星君、北斗星君於此殿，以佑眾善信延壽解厄消災。
民國九十 六年（西元二ＯＯ七年）一月間，重修太歲殿與後殿觀音殿彩繪。同年一月十二日，使者公蛇洞落成啟用，恭養神蛇於中。
本宮管轄五大庄信仰區，南崁頂庄（龜山鄉、大坑、南上、南美）、南崁下庄（南崁、南榮、南興、錦興、錦中、長興）、南崁廟口庄（五福、營盤、羊稠、瓦窯、內厝、山鼻）、坑子庄（坑子、外社、山腳、坑口、海湖）、蘆竹厝庄（蘆竹村、大園鄉、三石、果林、竹圍兩鄰）等，橫跨龜山、蘆竹、大園三鄉鎮共二十三村。
本宮後殿建造使者公洞，相傳此神蛇，於永曆十九年（西元一六六五年）明軍於樟樹下設置香案時，此神蛇就群棲於樹上護其香火，建廟后廟內樑上、廟外樹上，條數難清，且能與人親善。於民國十三年擴建廟基時，基地內發現穴中有蛇，眾欲捕捉未獲，不知去向，落成之日，忽有群蛇集於宮前，時人咸稱神蛇，名曰：「使者公」，皆不敢近，後忽不見。宮前有大榕樹其下有穴，鄉民常見蛇夜蟄其中，日出村野，不傷人畜，惟貪食附近人家雞蛋，於民國六十六年間，經信眾建議建造蛇洞，收及廟內外之神蛇於洞內，以避免民家及香客之困擾。
本宮奉祀主神武財神玄壇元帥趙公明，其誕辰日原為三月十五日，但於民初之期本宮主神突然失蹤，誕辰慶典日庄民無法舉辦，急得六神無主，不知為何，就在隔天早晨，發現廟口倒下四名大漢呼呼大睡，並有神轎及主神玄壇元帥一尊，嗣后據說當時宜蘭方面也舉辦玄壇元帥聖誕慶典過火儀式，就在當天，玄壇元帥突發神威，押著神轎飛奔回本宮，從此以後，本宮就明定三月十六日為本宮慶祝主神玄壇元帥聖誕千秋紀念日。本宮兼祀觀音佛祖、天上聖母、關聖帝君、哪吒太子、五谷先帝、文昌帝君、註生娘娘、國姓爺、齊天大聖、福德正神、馬舍公等諸神。
溯自渡臺建廟至今，有三百四十餘年，玄壇元帥及配祀諸神聖，聖澤廣被，浩氣長存，佛曰：一切法由心所生，由誠所變。是以心誠則靈。有求必應。應驗顯著，自始迄今，香煙鼎盛，永庇生靈。

南崁五福宮座落於虎頭山山脈下，座東北面向西南方位，屋面造型採傳統硬山式作法，面闊三間，縱深三進，以天井錯落，並夾以迴廊而成院落式傳統街屋型廟宇的狹長型態。

傳說香火於明鄭永曆十六年(1662)隨鄭軍來台，而後正式創建廟宇於明鄭永曆卅六年（1682），期間歷經清乾隆五年（1740）、清乾隆十五年（1750）、清嘉慶十三年（1807）、清同治五年（1866）、清光緒四年（1878）之擴修建，而目前所見之建築主體為日治大正十三年（1924）至大正十五年(1926)間所重修。

日治時期即被列入古蹟，至民國七十四年再被內政部列入國家第三級古蹟，為桃園縣最古老之廟宇，也是台灣少數古廟之一。

目前保存最久的文物，除開臺玄壇元帥聖像外，尚有清道光三年（1823）的古香爐、清同治六年（1867）的聖蹟亭等等。

清同治五年（1866）由游永泉、李榮裕等倡議重修擴建五福宮，並添建一座四方形三層之聖蹟亭，於次年完成。聖跡亭又名惜字亭、敬字亭、敬聖亭、字紙亭，專供焚化字紙。我國受儒家思想薰陶，遂敬重文字，無論通都大邑，窮鄉僻壤，到處有聖蹟亭，以供焚化字紙而表崇文惜字，感恩倉頡等先賢創字造文之意。從其左右兩側之捐獻石碑可以看出，當時南崁一帶文風鼎盛。五福宮之聖跡亭，亦有緣起追思，開疆闢土，發祥梓里，永誌勿忘，為五福宮鎮宮寶之一。

石雕除了龍柱與石柱外，其餘皆集中於三川門前步口，皆為日大正十三年（1924）之作品，雕刻的匠師已不可考，但雕刻手法巧妙交互運用著立雕、透雕、浮雕、線雕等手法，神韻活潑而生動，可見當時匠師的絕贊手法與功力。柱頭上仿西方芼莨葉的柱頭作法，正可見證當時融合東西文化之流行建築風格。而石鼓與麒麟堵則為花崗石雕鑿。石雕作品有「龍堵」、「虎堵」、「麒麟堵」、「石獅」、「祈求」、「吉慶」、「平安」、「魚躍龍門」、「科甲」、「封侯」…等。
而值得一提的是，五福宮目前還保留有一座上刻有〔道光參年冬　南崁暨各庄　元帥廟祈安建醮　捐緣眾弟子仝立〕（1823）之清代古香爐，為五福宮鎮宮寶之一。
石材主要以觀音山石為主，花崗石為輔。

木雕雕刻手法極盡細膩，且喜愛螭虎的造型，人物雕刻的比例纖細，頭身比約略為一比七。作品有「獅座」、「三層透雕」之透雕貼金作品，「二通三瓜山架」、「三通五瓜山架」之大木構架，其餘多為神仙故事或演義小說內容的作品。

彩繪早期為鹿港名師郭新林的族人郭佛賜所繪，現今作品多為許連成父子所繪，尤以三川殿之門神為北部名師許連成所繪，而後殿則為李登勝所繪，均為一時之選的傑作。彩繪故事多為神仙故事或取自「西遊記」、「三國演義」、「封神演義」等等演義小說內容的作品。作品有「三教共同會」、「趙子龍救阿斗」、「神勇名將黃忠」、「臥薪嚐膽」、「龍王請觀音」、「觀音收魚精」…等作品。

交趾陶作品位於正殿之左右壁堵與龍虎壁堵處，為日大正十四年（1925）時之作，為泉州籍交趾陶大師蘇陽水所作，為目前蘇陽水大師留於台灣少數作品之一，為台灣之寶，也是五福宮鎮宮寶之一。

剪黏泥塑大多呈現於屋脊以及水車堵部分，目前屋脊部分之剪黏作品為民國五十年代所修作，已出現使用大量馬賽克貼面的作法，將傳統形式與現代材料的時尚做巧妙的結合，當時興建的匠師已不可考，但作品作工精細，造型活潑，實為具有精湛技藝的匠師所作。於三川殿與迴廊的水車堵處之剪黏作品推測可能為蘇陽水的作品，但也已不可考。後殿二樓神龕處之陶瓷作品則為民國六十五年（1976）改建後殿時之作品，栩栩如生。作品有「雙龍寶塔」、「福祿壽三仙」、行龍與坐龍之姿的「雙龍」、麒麟、鳳凰、象、獅等「祥獸」、「人物座騎」、「花草」…等作品。

五福宮之「楹聯」幾乎為日大正十四年（1925）時所題，在字義內容上，分別有表示「歡迎參拜」、「創建歷史背景」、「酬謝神恩」、「地理位置」、「神職」、「神形」、以及「神德」之意，深具教化人心之功用。而「匾額」部分，則有二方為日治時期以前之作品，餘則為民國時期之作，分別有表示「寺廟」、「彰顯神職」、以及「感念恩德」之意。