馬祖天后宮，又稱馬祖境天后宮、馬港天后宮、南竿天后宮，位於中華民國連江縣馬祖南竿鄉馬祖村4-1號 ，是一座奉祀海神媽祖的廟宇。

根據清初《使琉球記》中記載，宋朝福建莆田湄洲的孝女林默娘（人稱媽祖）廿八歲時，因父兄駕船駛至閩江口海域，突遇巨風大浪，船毀人溺，媽祖得知，飛身入海拯救父兄，因而罹難，遺體當年隨海漂流至閩江口附近的小島（即今日馬祖的南竿），被漁民打撈上岸，湄洲鄉親不見媽祖下落，認為她羽化昇天成仙，遂建湄洲媽祖廟作為紀念。這個島因而被稱為媽祖島，爾後又改為馬祖。馬祖地名因此而來，媽祖也成為馬祖居民最重要的信仰。

一般福建、臺灣人相傳湄洲孝女媽祖廿八歲時羽化登天，但是馬祖人傳說媽祖因為父兄遭遇船難，於是投海拯救父兄，因而罹難，遺體漂流至南竿，鄉民為之設冢，尊為「靈穴」，建造天后宮奉祀之。湄洲鄉親得知後，將媽祖遺體迎回家鄉，本地鄉民於是將靈穴改為衣冠冢。

歷次整修靈穴，都有靈異事蹟。1963年國軍不慎引發火災，欲改建廟宇，在靈穴前鋪設地磚，次日地磚全部裂開。2002年打算遷移靈穴，但用以鑽地的地鑽全斷，又作罷。爾後廟方想要塗上油彩，卻上不了色。

登山家李小石攀登喜馬拉雅山聖母峰所背著的媽祖聖像供在本宮正殿。