再說如今台灣又有哪些王爺廟呢？有：單姓王爺廟、大王廟、大人廟、二王廟、三府千歲、五府千歲、以及七府千歲。由於各廟宇的開基沿革都未能保存下來，才致使傳言眾多，毫無研究的方向與證據。「南鯤鯓代天府」是台灣王爺信仰之大本山，其年代之久遠更是不容置疑的；但該廟現保存有清道光乙未年的對聯乙幅，聯云『保赤全台、永鎮鯤身施福澤。垂青奕世，曾從鹿耳顯威名。』上述【鹿耳】一詞實值探討、研考。還有台南市最具歷史的「普濟殿」裡亦有幅咸豐戊午八年所立之對聯，聯云『伐暴除邪保境，長存唐劍印；南巡北狩安邦，高署漢威儀。』，這其中的【長存唐劍印】最具研究價值，因據台灣外記順治三年（明唐王隆武帝二年）三月條記有：「唐王隆武帝封鄭成功忠孝伯，賜尚方劍，便宜行事，掛招討大將軍印。」；還有現在台灣所有王爺廟裡都設有五營神兵，那為何要設五營神兵呢？如此又與鄭成功治台時之軍政經的數目吻合，鄭成功將商者分為五商，軍隊分五軍、五營分駐各地。然現在台灣民間大都認為王爺並非瘟神信仰，而是直屬玉皇大帝之地方保護神，稱為『代天巡狩』，能保境安民，深得百姓的敬仰。
現來述『萬年殿』的沿革，其傳說有三，不知何者是真？有待再查；但政府所登記的資料：萬年殿創建於清雍正七年（西元一七二九年。）
◎傳說一：在清康熙四年（西元一六六五年）由福建省草安南勢角漂來一艘王船至永寧庄一帶海面，為海上作業之本庄漁民發現登船探視，見內有軟身神像三尊，乃恭迎上岸奉祀，當時之王船現仍奉祀於萬年殿中。
◎傳說二：在清康熙年間，由追隨鄭成功來台之杜、葉、林、 黃、蘇五姓先民聚居在永寧庄， 至雍正七年，五姓後裔共同倡議出資興建廟宇，以迄於今。
◎傳說三：相傳於二（三）百餘年前，喜樹與永寧間的海面， 一夜突然傳來鐘鼓管樂嘹喨之聲，且光茫照耀，如同白晝，兩庄居民咸感訝異，於翌晨紛紛前往探視，只見海上有神船一艘內有綢製神像三尊，即葉、朱、李三府千歲，始悟神明旨意，乃合力於兩庄間建一座廟宇奉祀，但不久兩庄發生糾紛，便協議分開建廟，神像歸喜樹，王船歸永寧。【此傳說與喜樹萬皇宮一樣】
◎說法四：【此說法取自日本大正年間《台南市寺廟台帳》萬年殿沿革】萬年殿創立約二百五十年前,康熙年間追隨鄭成功戰役 有功者蘇.葉.林.黃.杜五姓,派來此地移住並獎勵其漁業, 及田野開墾,並將此廟當為守護神奉祀之°其後(約二百 年前)莊民出漁,見有神像乘一艘支那形船漂泊而來°此 時,恰鄰莊喜樹莊民出漁,雙方同時發現神船,相爭而 後講和,神像歸喜樹,神船由廟方來安置;而此神船即 廟裡現存小型之神船,乾隆四年即增建地方,來奉祀神 船。
對於萬年殿王爺由來眾說紛紜，孰是孰非，並無定論。創建開始至乾隆四年（西元一七三九年）、增建廟室與拜殿，嗣後迭有修葺。民國十三年，南鯤鯓五府千歲首度南巡駕臨本廟，乃虔誠敬奉，供信徒參拜，由於神靈赫濯，恩澤廣被，香火鼎盛，歷久不衰。然因規模簡陋，不敷日增之信徒，遂捐資重建，于民國五十九年農曆正月十五日破土鳩工興建，至六十一年壬子年農曆八月初旬竣工落成，工程浩大，耗資新台幣柒佰萬元之多。至此廟構堂皇，巍峨壯麗，近年來在廟前闢有「萬年公園」，以及剛落成不久位於廟後的「耕心園」，此二處今為灣裡居民平時常常駐足休憩的場所。並在南側增建一棟四層樓之香客大樓、以行香客之便、以利行政之用。【萬年公園將於九十三年中拆除，今已併入公園42預定地，此公園面積達近兩公頃、台南市政府將於九十三年發包動工與竣工】